نایک در این بیانیه که روز جمعه در قالب یک نامه سرگشاده منتشر شد، اذعان نمود که اقدامات قانونی لازم را علیه این تصمیم دولت مودی انجام خواهد داد. این دومین نامه ای است که نایک پس از حمله تروریستی داکا و مشکلاتی که پس از آن گریبانگیر وی شد، منتشر نموده است. نایک در این بیانیه از دولت هند به دلیل این اقدام به شدت انتقاد کرده و آن را حرکتی احساسی و بدون فکر خوانده است. وی در این بیانیه مودی را متهم می نماید که حتی پیش از دریافت گزارش بازرسان نیز قصد ممنوع نمودن بنیاد پژوهش های اسلامی را داشته است. نایک در این خصوص اذعان داشت: " پیش از آنکه تحقیقات بازرسان به پایان برسد و حتی پیش از آنکه گزارش آنان ارسال شود، تصمیم ممنوعیت بنیاد پژوهش های اسلامی گرفته شده بود؛ شاید دلیل آن مذهب من بوده و شاید هم دلیل دیگری داشته است اما دیگری اهمیتی ندارد".
ذاکر نایک همچنین در بیانیه خود مدعی شده است که ممنوعیت بنیاد پژوهش های اسلامی بدون هیچ گونه پرس و جویی از وی انجام گرفته است. نایک سپس به دفاع از خود پرداخته و اذعان می نماید که سخنرانی های وی همواره با فضای جامعه هماهنگ بوده و او هیچگاه به حمایت از تروریسم نپرداخته است. نایک سپس خود را یک کارشناس دینی لقب داده و مدعی شد که همواره سخنانش را از میان متون مذهبی انتخاب می نماید. وی در ادامه خود را جزو معدود افرادی معرفی می کند که آشکارا از تروریسم تحت حمایت دولت هند انتقاد نموده است. ذاکر نایک در حالی این سخنان را بیان نموده که در فوریه سال 2012 ویدئویی از وی منتشر شد (اکنون از یوتیوب برداشته شده است) که طی آن در جمع وسیعی به سخنرانی پرداخته و از مردم درخواست می نماید که برای اسلام به مبارزه بپردازند و از قوانینی که برخلاف دستورات خالق آن هاست اطاعت نکنند.
نایک در انتهای نامه خود می نویسد، آیا این قوانین سخت گیرانه برای افراد متعصبی همچون سدهوی پراچی (Sadhvi Prachi: از سیاستمدارن فعال هندو) و یوگی آدیتیانات (Yogi Adityanath: از اعضایی بی.جی.پی) نیز اجرا می شود؟ دولت تا کنون نه هیچگاه فعالیت های آنان را محکوم نموده و نه مجازاتی برایشان تعیین کرده است. آیا این قوانین بی رحمانه فقط برای مسلمانان است؟ آیا غیر از این است که مسلمانان کاملا به صورت صلح آمیز و در چارچوب قانون اساسی به تبلیغ مذهب خود می پردازند؟ آیا قوانین تنها برای ساکت نمودن گروه های اقلیت اجرا می شود؟ من همه برادران و خواهران مسلمان خود را دعوت می نمایم که تنها بر خدا تکیه نمایند و از این اقدامات ظالمانه نهراسند چراکه خداوند می فرماید: اگر صبر پیشه کنید و از خدا بر حذر باشید، نیرنگ آن ها هیچ آسیبی به شما نخواهد رساند.
این گزارش سپس می نویسد، بازرسان سازمان ملی تحقیقات در جریان بررسی های خود مدارکی بدست آوردند که حاکی از ارتباط موسسه نایک با فعالیت های تروریستی بوده است. در همین رابطه مقامات سازمان ملی تحقیقات اذعان داشتند که بنیاد ذاکر نایک به تامین مالی حداقل 300 نفر پرداخته که برخی از آن ها به مناطق تحت کنترل داعش در عراق و سوریه سفر نموده اند. این اطلاعات پس از بررسی سوابق مالی و اسناد فعالیت های اقتصادی 20 مورد از دفاتر بنیاد نایک بدست آمده است. سازمان ملی تحقیقات همچنین فهرستی 12 نفره شامل خود نایک، اعضای خانواده و دوستان نزدیک وی تهیه نموده و آن را جهت بررسی حساب های بانکیشان به 72 بانک هند ارسال کرده است. این سازمان همچنین با ارسال نامه هایی به سه بانک خصوصی، از آنان درخواست نموده تا نسبت به مسدود کردن حساب های نایک و سایر کسانی که در جریان بازرسی از دفاتر بنیاد نامشان فاش گردیده، اقدام نمایند.